Thèse Ciblage et Analyse Biophysique de Structures d'Acides Nucléiques Virales H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé Laboratoire de recherche : Acides nucléiques : Régulations Naturelles et Artificielles Direction de la thèse : Samir AMRANE ORCID 00000030147776X Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59 Les infections virales représentent une menace sanitaire mondiale persistante, comme l'ont démontré les récentes épidémies et pandémies. Malgré les avancées dans le développement de vaccins, l'identification de stratégies thérapeutiques antivirales efficaces demeure un défi majeur pour la communauté scientifique. La recherche de nouvelles cibles moléculaires au sein des génomes viraux constitue donc une priorité pour développer des approches thérapeutiques innovantes.
Les quadruplexes de guanine (G4) représentent une famille de structures d'acides nucléiques non canoniques formées à partir de séquences d'ADN ou d'ARN riches en guanine. Ces structures ont suscité un intérêt croissant en raison de leur grande stabilité structurelle dans des conditions physiologiques et de leur distribution génomique spécifique qui suggère des fonctions biologiques importantes. Des travaux récents ont non seulement confirmé l'existence des G-quadruplexes in vivo, mais ont également démontré leur implication dans plusieurs processus biologiques clés, faisant d'eux des cibles prometteuses pour le développement de thérapies basées sur les acides nucléiques.
Objectifs du projet
Ce projet de thèse poursuivra deux objectifs principaux dans le cadre d'une approche biophysique moléculaire :
Le premier objectif consistera à identifier et caractériser la présence de structures G-quadruplexes au sein du génome viral sélectionné. Des études biophysiques approfondies seront menées afin de vérifier la formation effective de ces G4 putatifs in vitro dans des conditions physiologiques pertinentes.
Le deuxième objectif visera à évaluer le potentiel thérapeutique de ligands spécifiques (chimique ou petite protéine) pour leur capacité à se lier et stabiliser sélectivement les structures G4 identifiées dans le génome viral. Ces travaux permettront d'explorer une nouvelle stratégie antivirale basée sur la perturbation des fonctions biologiques médiées par les G-quadruplexes viraux.
Ce projet contribuera ainsi au développement de nouvelles approches thérapeutiques antivirales en exploitant les structures d'acides nucléiques non canoniques comme cibles moléculaires innovantes. Les infections virales continuent de représenter un défi sanitaire mondial majeur, nécessitant le développement urgent de nouvelles stratégies thérapeutiques antivirales au-delà de la vaccination. Les G-quadruplexes, structures d'acides nucléiques non canoniques dont l'existence in vivo est désormais confirmée, émergent comme des régulateurs clés de processus biologiques essentiels et constituent des cibles thérapeutiques prometteuses. L'exploitation de ces structures présentes dans les génomes viraux offre une opportunité innovante pour perturber spécifiquement la réplication et les fonctions virales par le biais de ligands sélectifs. Ce projet utilisera des approches de biophysique structurale incluant la résonance magnétique nucléaire (RMN), la cristallographie aux rayons X (RX) et le dichroïsme circulaire pour caractériser la structure tridimensionnelle et la stabilité des G-quadruplexes viraux identifiés. Les interactions entre les ligands candidats et les structures G4 seront analysées par calorimétrie de titration isotherme (ITC), résonance plasmonique de surface (SPR) et interférométrie de couche bio-optique (BLI) afin de déterminer les paramètres thermodynamiques et cinétiques de liaison. Cette approche intégrative permettra d'établir des relations structure-fonction et d'identifier les ligands les plus prometteurs pour une stratégie antivirale basée sur le ciblage des G-quadruplexes.

Le candidat devra être titulaire d'un Master 2 (ou diplôme équivalent) en biophysique, biochimie, chimie physique, chimie, biologie structurale ou disciplines connexes.
Le candidat devra faire preuve de rigueur scientifique, d'autonomie progressive, de capacités d'analyse critique et d'aptitude à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire. Des qualités de persévérance et d'adaptabilité seront essentielles face aux défis expérimentaux inhérents à ce type de projet.
Une forte motivation pour la recherche fondamentale avec des perspectives d'applications thérapeutiques et un intérêt pour les questions de santé publique liées aux infections virales sont attendus.