Thèse Etude de la Diversité Fongique Caractérisation des Micromycètes du Genre Aspergillus et Lien Potentiel avec l'Émergence de Virus dans le Cadre de Programme Régional Psgar-Emerg Ciblant le Ri H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé Laboratoire de recherche : Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux Direction de la thèse : Laurence DELHAES ORCID 0000000174899205 Début de la thèse : 2026-09-15 Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59 Contexte
Ce sujet s'inscrit dans le cadre du programme régional PSGAR-MIE et de son volet EMERG. Le programme PSGAR-MIE/EMERG s'intéresse aux défis croissants posés par les maladies infectieuses émergentes et la résistance aux antimicrobiens, via une approche scientifique interdisciplinaire centrée sur les spécificités du territoire régional. Il s'inscrit dans une logique « Une seule santé » (One Health), prenant en compte les interconnexions entre santé humaine, santé animale et environnement.
EMERG s'intéresse au concept d'exposome, qui englobe l'ensemble des facteurs d'exposition auxquels un sujet est soumis depuis sa préconception, ainsi que les conséquences de ces expositions. Ce concept peut être étendu aux animaux et aux végétaux sous la notion d'éco-exposome dans une approche One Health. En intégrant les dimensions de pollution, de climat, d'anthropisation et de biodiversité, EMERG vise à mieux comprendre comment les modifications environnementales influencent l'apparition de nouvelles menaces infectieuses. Les travaux s'appuient notamment sur l'expertise régionale en matière de surveillance des virus influenza aviaires et du West Nile, et sur les liens entre eco-exposome microbiologique et risque sanitaire.
Cette démarche interdisciplinaire vise à éclairer les décisions politiques régionales et à s'articuler avec d'autres projets complémentaires (notamment le programme prézode INSTEAD), dans le cadre d'une stratégie d'adaptation territoriale cohérente, pour anticiper les futures émergences infectieuses.
Ce sujet s'intègrera également à la démarche du groupe Exposome dans le cadre des Grands défis en Sciences de la durabilité de l'Université de Bordeaux.Objectifs et suivi du doctorant
Nous proposons d'étudier la flore microbienne et notamment fongique présente dans l'avifaune de Nouvelle Aquitaine et dans l'environnement humain et animal, de relier cette flore au trajectoire migratrice des oiseaux, aux évènements survenus en région Nouvelle Aquitaine (telle que les évolutions des virus influenza aviaires et West Nile, évènement de feu, inondation, pollution... en lien avec l'anthropocène) ceci afin de mieux caractériser l'évolution de la flore microbienne (ici fongique et virale) en lien avec l'anthropization, selon une approche One Health basée sur le concept de l'éco-exposome microbien.
Le suivi de la formation et d'avancement des recherches du doctorant se fera lors des réunions bimensuelles de l'équipe ainsi qu'au cours des bilans hebdomadaires en fonction de l'avancement des expérimentations. Les résultats seront discutés avec le doctorant lors de ces réunions et analysés pour l'évolution du sujet et pour leur valorisation.
Ce sujet s'inscrit dans le cadre du programme régional PSGAR-MIE et de son volet EMERG. Le programme PSGAR-MIE/EMERG s'intéresse aux défis croissants posés par les maladies infectieuses émergentes et la résistance aux antimicrobiens, via une approche scientifique interdisciplinaire centrée sur les spécificités du territoire régional. Il s'inscrit dans une logique « Une seule santé » (One Health), prenant en compte les interconnexions entre santé humaine, santé animale et environnement.
EMERG s'intéresse au concept d'exposome, qui englobe l'ensemble des facteurs d'exposition auxquels un sujet est soumis depuis sa préconception, ainsi que les conséquences de ces expositions. Ce concept peut être étendu aux animaux et aux végétaux sous la notion d'éco-exposome dans une approche One Health. En intégrant les dimensions de pollution, de climat, d'anthropisation et de biodiversité, EMERG vise à mieux comprendre comment les modifications environnementales influencent l'apparition de nouvelles menaces infectieuses. Les travaux s'appuient notamment sur l'expertise régionale en matière de surveillance des virus influenza aviaires et du West Nile, et sur les liens entre eco-exposome microbiologique et risque sanitaire.
Cette démarche interdisciplinaire vise à éclairer les décisions politiques régionales et à s'articuler avec d'autres projets complémentaires (notamment le programme prézode INSTEAD), dans le cadre d'une stratégie d'adaptation territoriale cohérente, pour anticiper les futures émergences infectieuses.
Ce sujet s'intègrera également à la démarche du groupe Exposome dans le cadre des Grands défis en Sciences de la durabilité de l'Université de Bordeaux. Nous proposons d'étudier la flore microbienne et notamment fongique présente dans l'avifaune de Nouvelle Aquitaine et dans l'environnement humain et animal, de relier cette flore au trajectoire migratrice des oiseaux, aux évènements survenus en région Nouvelle Aquitaine (telle que les évolutions des virus influenza aviaires et West Nile, évènement de feu, inondation, pollution... en lien avec l'anthropocène) ceci afin de mieux caractériser l'évolution de la flore microbienne (ici fongique et virale) en lien avec l'anthropization, selon une approche One Health basée sur le concept de l'éco-exposome microbien.
Basé sur des expérimentations allant de la microbiologie conventionnelle (culturomic et sensibilité in vitro...) aux approches de séquençage haut-débit (NGS, Mycobiome et microbiote, qPCR...), le suivi de la formation et d'avancement des recherches du doctorant se fera lors des réunions bimensuelles de l'équipe ainsi qu'au cours des bilans hebdomadaires en fonction de l'avancement des expérimentations. Les résultats seront discutés avec le doctorant lors de ces réunions et analysés pour l'évolution du sujet et pour leur valorisation. -Gestion des prélèvements de la collection EMERG ; Gestion des métadonnées (espèce, lieux de capture, age.... - les prélèvements de l'avifaune sont réalisés par nos collègues de Chizé)
-Traitement et mise en culture des échantillons des animaux suivi des isolements et identifications des micromycètes ; les isolements des bactéries multirésistantes co-présentes pourront être faits
-Identification microbiologique : Aspect macroscopique et microscopique, identification par spectrométrie Maldi-Tof de flore présente dans un échantillon donné
-Réalisation d'extraction d'ADN - ARN, réalisation de PCR (qPCR et/ou rt-PCR)
-Réalisation d'analyse en NGS (microbiote mycobiote; technologie Illumina ou ONT)
-Mise en collection des isolats d'intérêt (Aspergillus, Scedosporium, Candida) et caractérisation plus poussée des Aspergillus (sensibilité in vitro aux antifongiques par réalisation des CMI par méthode EUCAST ; séquençage de tout ou partie du génome)
-Recherche des associations virus/aspergillus décrites sous la forme des VAPA (Virus associated with aspergillosis) et caractérisation in vitro de ces VAPA sur culture cellulaire
-Analyse statistique des données (logiciel R ; lien avec les métadonnées des sites de géo-sentinelle)
-Participation aux réunions du groupe et de l'équipe
-Présentation et discussion des résultats en réunion et en congrès
-Analyse bibliographique et intégration des données dans le contexte régional, mais aussi international
=> Travail en collaboration étroite avec l'équipe de Parasitologie-Mycologie du CHU, le CNR des Aspergilloses Chroniques et la plateforme PGTB (INRAE - Pierroton)

Ci-après tout ou partie des prérequis souhaités:
- Notion méthodologique de microbiologie (connaître ou avoir fait de la mise en culture microbienne sous PSM)
- Notion méthodologique de biologie moléculaire (connaître ou avoir fait des extractions d'acide nucléiques, des PCR et qPCR, ou ddPCR, voire du NGS)
- Notion de culture cellulaire
- Connaitre ou avoir manipulé des outils de bio-informatique (R ...)
- Appétence pour la bio-informatique souhaitée
- Savoir analyser des données bibliographiques, rédiger un plan expérimental et un mémoire