Thèse Bases Moléculares et Cellulaires de l'Invasion de la Chromatine par les Rétrovirus et les Rétroélements H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé Laboratoire de recherche : Microbiologie fondamentale et Pathogénicité Direction de la thèse : Vincent PARISSI ORCID 0000000316617841 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59 Titre : Décryptage des mécanismes d'invasion de la chromatine par les rétrovirus et les rétrotransposons : le rôle du chromodomaine de l'intégrase
Le génome humain est en permanence menacé par l'invasion d'éléments génétiques mobiles, tels que les rétrovirus et les rétrotransposons. Pour les rétrovirus, une intégration stable dans le génome de l'hôte dépend de deux étapes critiques : la synthèse fidèle de l'ADN viral lors de la transcription inverse, puis l'accès des complexes d'intégration (intasomes) au compartiment nucléaire. Au sein de la chromatine, les intasomes doivent interagir avec des substrats nucléosomaux pour catalyser leur intégration, un processus qui combine des mécanismes conservés et des spécificités propres à chaque modèle.
Nos études comparatives ont permis d'identifier, dans plusieurs modèles rétroviraux, les interfaces fonctionnelles d'association avec la structure nucléosomale, ainsi que les voies cellulaires clés régulant ces processus d'invasion de la chromatine (1-5). Nos résultats ont également révélé le rôle central du domaine carboxy-terminal de l'intégrase (IN), qui semble agir comme un capteur de la chromatine, une fonction potentiellement partagée par d'autres éléments rétroviraux (6).
Objectifs du projet :
Ce projet vise à caractériser la fonction du chromodomaine de l'IN dans différents modèles rétroviraux, incluant le pathogène humain VIH-1 et le rétrotransposon TY1 de levure. Notre approche intègre :

Des analyses biochimiques (tests de pull-down, alphaLISA, BLI) utilisant des nucléosomes et des réseaux d'histones pour définir les déterminants moléculaires des interactions intasome-nucléosome.
L'imagerie chromosomique (essai de liaison directe aux chromosomes, diCBA) pour visualiser ces interactions in situ.
Des approches génétiques et cellulaires (CRISPR knockdown/out, Proximity Ligation Assay, immunofluorescence) pour identifier et caractériser les voies cellulaires régulatrices.
Des stratégies pharmacologiques pour moduler l'association intasome-nucléosome et les interactions avec les partenaires cellulaires.
Des études structurales (diffraction des rayons X, cryo-microscopie électronique) des intermédiaires de réaction obtenus par intégration/transposition in vitro.
Contexte collaboratif :
Ce travail s'inscrit dans le cadre du réseau CNRS GDR 2194 DYNAVIR et 3546 Mobil'ET, en étroite collaboration avec l'équipe de P. Lesage (Université Paris Cité). Le projet est soutenu par les programmes ANR ChromaTY, ANRS StructurIN et FRM INvasIN.
Impact scientifique :
En élucidant les mécanismes d'invasion de la chromatine par les éléments rétroviraux, ce projet contribuera à une meilleure compréhension de l'intégration rétrovirale et de la dynamique des transposons, avec des implications potentielles pour le développement de stratégies antivirales et la stabilité génomique.

Le génome humain est en permanence menacé par l'invasion d'éléments génétiques mobiles, tels que les rétrovirus et les rétrotransposons. Pour les rétrovirus, une intégration stable dans le génome de l'hôte dépend de deux étapes critiques : la synthèse fidèle de l'ADN viral lors de la transcription inverse, puis l'accès des complexes d'intégration (intasomes) au compartiment nucléaire. Au sein de la chromatine, les intasomes doivent interagir avec des substrats nucléosomaux pour catalyser leur intégration, un processus qui combine des mécanismes conservés et des spécificités propres à chaque modèle.
Nos études comparatives ont permis d'identifier, dans plusieurs modèles rétroviraux, les interfaces fonctionnelles d'association avec la structure nucléosomale, ainsi que les voies cellulaires clés régulant ces processus d'invasion de la chromatine. Nos résultats ont également révélé le rôle central du domaine carboxy-terminal de l'intégrase (IN), qui semble agir comme un capteur de la chromatine, une fonction potentiellement partagée par d'autres éléments rétroviraux.
Ce projet vise à caractériser la fonction du chromodomaine de l'IN dans différents modèles rétroviraux, incluant le pathogène humain VIH-1 et le rétrotransposon TY1 de levure. Notre approche intègre :
- Des analyses biochimiques (tests de pull-down, alphaLISA, BLI) utilisant des nucléosomes et des réseaux d'histones pour définir les déterminants moléculaires des interactions intasome-nucléosome.
- L'imagerie chromosomique (essai de liaison directe aux chromosomes, diCBA) pour visualiser ces interactions in situ.
- Des approches génétiques et cellulaires (CRISPR knockdown/out, Proximity Ligation Assay, immunofluorescence) pour identifier et caractériser les voies cellulaires régulatrices.
- Des stratégies pharmacologiques pour moduler l'association intasome-nucléosome et les interactions avec les partenaires cellulaires.
- Des études structurales (diffraction des rayons X, cryo-microscopie électronique) des intermédiaires de réaction obtenus par intégration/transposition in vitro.

Profil du·de la doctorant·e : Mécanismes d'invasion de la chromatine par les rétrovirus et les rétrotransposons
Contexte du poste
Nous recherchons un·e doctorant·e motivé·e et passionné·e pour rejoindre notre équipe interdisciplinaire étudiant les mécanismes moléculaires de l'invasion de la chromatine par les rétrovirus et les rétrotransposons. Le·a candidat·e retenu·e contribuera à un projet visant à caractériser la fonction du chromodomaine de l'intégrase dans des modèles tels que le VIH-1 et le rétrotransposon TY1 de levure. Ce travail combine des approches de biochimie, imagerie cellulaire, génétique et biologie structurale pour élucider les dynamiques de l'intégration rétrovirale.

Qualifications et compétences clés

Ouverture d'esprit et curiosité scientifique

Capacité à penser de manière critique et créative, avec un vif intérêt pour la découverte scientifique.
Volonté d'explorer des approches interdisciplinaires et de s'adapter à de nouvelles méthodologies.

Passion pour la recherche

Enthousiasme pour la recherche fondamentale et/ou translationnelle, en particulier dans les domaines de la virologie, de la génomique ou de la biologie de la chromatine.
Engagement envers une démarche expérimentale rigoureuse et une interprétation minutieuse des données.

Connaissances de base en rétrovirologie

Familiarité avec les cycles de vie des rétrovirus, la transcription inverse et les mécanismes d'intégration (un atout, mais non obligatoire).
Une expérience préalable en virologie moléculaire ou en biologie des rétrotransposons serait un plus.

Maîtrise de l'anglais

Anglais courant (oral et écrit) pour une communication efficace dans un environnement de recherche international.
Capacité à présenter des résultats et à rédiger des rapports ou articles scientifiques.

Appétence pour le travail d'équipe

Excellentes compétences interpersonnelles et esprit collaboratif, avec une expérience de travail en équipe pluridisciplinaire.
Ouverture à l'échange d'idées et à la résolution collective de problèmes.

Compétences techniques

Biochimie des protéines : Expérience en expression, purification et tests fonctionnels de protéines (pull-down, BLI, alphaLISA).
Microscopie : Pratique de la microscopie à fluorescence ou d'autres techniques d'imagerie.
Cytométrie en flux : Connaissance pratique de la cytométrie pour l'analyse cellulaire.
Biologie moléculaire : Maîtrise des techniques standards (PCR, clonage, Western blot) serait un atout.

Missions principales

Concevoir et réaliser des expériences pour caractériser les interactions intasome-nucléosome à l'aide d'outils biochimiques et d'imagerie.
Participer à des criblages génétiques (ex. CRISPR) et à des études de modulation pharmacologique.
Collaborer avec les membres de l'équipe et les partenaires externes pour intégrer des données structurales, biochimiques et cellulaires.
Présenter les résultats lors de réunions de laboratoire, conférences et dans des publications scientifiques.

Ce que nous offrons

Un environnement de recherche dynamique et stimulant, au sein d'un réseau affilié au CNRS.
Un accès à des plateformes technologiques de pointe en biochimie, imagerie et biologie structurale.
Des opportunités de développement professionnel, incluant des formations aux techniques avancées et la participation à des conférences internationales.
Un financement assuré par les programmes ANR ChromaTY, ANRS StructurIN et FRM INvasIN.

Profil idéal
Le·a candidat·e idéal·e est proactif·ve, rigoureux·se et motivé·e par la résolution de questions biologiques complexes. Il·elle s'épanouit dans un cadre collaboratif et est enthousiaste à l'idée de contribuer à des avancées majeures dans le domaine de l'intégration rétrovirale et de la stabilité génomique.