Thèse Identification de Nouvelles Cibles Thérapeutiques dans les Leucémies Aigues Myéloblastiques Flt3 Muté H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé Laboratoire de recherche : BoRdeaux Institute of onCology Direction de la thèse : Vanessa DESPLAT ORCID 000000031666076X Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59 Les cancers représentent en France la première cause de mortalité chez l'homme et la deuxième chez la femme. Malgré la baisse de la mortalité et les améliorations du dépistage et des traitements, les cancers restent un enjeu majeur de santé publique. En effet, les progrès apportés ne sont pas suffisants pour certains cancers, qui entrainent encore le décès de nombreux patients en raison d'une maladie résistante aux traitements disponibles. Parmi ces pathologies figurent les leucémies aiguës myéloblastiques (LAM) qui représentent un groupe hétérogène d'hémopathies malignes d'un point de vue cytologique, cytogénétique et moléculaire. Chez les patients de moins de 60 ans, le taux de réponse à la chimiothérapie d'induction est relativement élevé (80%) mais l'incidence importante des rechutes amène à une survie à 5 ans d'environ 50%. Chez les patients âgés de plus de 60 ans, le pronostic reste particulièrement défavorable, avec une survie à cinq ans d'environ 10 %. Environ 30% des patients atteints de LAM présentent une insertion en tandem (FLT3-ITD) dans le domaine juxta-membranaire ou une mutation ponctuelle dans le domaine tyrosine kinase (TKD) conduisant à une activation constitutive du récepteur associée à une signalisation oncogénique. La mutation FLT3-ITD étant associée à un pronostic défavorable, elle est devenue un enjeu thérapeutique important ayant conduit au développement d'inhibiteurs anti-FLT3, dont certains sont actuellement utilisés en clinique. Néanmoins, l'apparition de résistances à ces traitements est fréquemment observée et constitue un obstacle majeur à leur efficacité à long terme.
Dans ce contexte, nous avons identifié pour la première fois un variant d'épissage du récepteur FLT3 qui conduit à une résistance au traitement. Nous avons montré qu'il présente une activation constitutive indépendante de son ligand et une résistance aux inhibiteurs de tyrosine kinase anti-FLT3 utilisés en clinique. Une étude translationnelle menée sur une cohorte nationale de patients a révélé que l'expression de ce nouveau variant a une valeur pronostique significative sur la survie des patients, mettant ainsi en évidence un nouveau biomarqueur potentiel.
Afin d'approfondir ces résultats, une analyse transcriptomique a été réalisée sur une cohorte de patients atteints de LAM exprimant fortement notre nouveau variant au moment du diagnostic. Cette analyse a révélé une expression différentielle de plusieurs transcrits. Le projet de thèse proposé vise à étudier le rôle de certains de ces gènes candidats sur nos cellules de LAM exprimant le nouveau variant FLT3. Les objectifs du projet sont d'une part d'étudier le rôle de ces cibles potentielles dans des lignées de LAM humaines en abrogeant leur expression par des approches d'édition de gène. Les travaux antérieurs de l'équipe ont montré que les mécanismes de résistance aux ITK dans les cellules de LAM FLT3-ITD dépendent du microenvironnement hématopoïétique et des conditions hypoxiques. Ainsi, dans un second temps, nous nous placerons dans les conditions de niche hématopoïétique afin d'évaluer le comportement des lignées cellulaires modifiées par rapport aux lignées cellulaires natives en utilisant un modèle d'encapsulation 3D qui vise à mimer les conditions de la niche hématopoïétique. Enfin, pour confirmer les résultats, des expériences in vivo de xénogreffes de souris immunodéficientes seront réalisées. Cette partie sera réalisée avec l'aide de l'animalerie A2 de l'Université de Bordeaux et respectera la règle des 3R.
Le projet sera complété par une approche translationnelle visant à analyser l'expression des marqueurs les plus pertinents sur une cohorte bordelaise de patients en collaboration avec le service d'hématologie clinique du CHU de Bordeaux. En effet, l'identification de nouveaux biomarqueurs pronostiques et de cibles thérapeutiques innovantes apparaît essentielle pour améliorer la prise en charge des patients et contourner les mécanismes de résistance aux traitements.
Dans un contexte de résistance aux traitements, nous avons identifié pour la première fois un variant d'épissage du récepteur FLT3. Nous avons montré qu'il présente une activation constitutive indépendante de son ligand et une résistance aux inhibiteurs de tyrosine kinase anti-FLT3 utilisés en clinique. Une étude translationnelle menée sur une cohorte nationale de patients a révélé que l'expression de ce nouveau variant a une valeur pronostique significative sur la survie des patients, mettant ainsi en évidence un nouveau biomarqueur potentiel.
Afin d'approfondir ces résultats, une analyse transcriptomique a été réalisée sur une cohorte de patients atteints de LAM exprimant fortement notre nouveau variant au moment du diagnostic. Cette analyse a révélé une expression différentielle de plusieurs transcrits, qui pourraient devenir de nouvelles cibles thérapeutiques. L'objectif est de mette en évidence des biomarqueurs qui pourraient devenir de nouvelles cibles thérapeutiques afin d'améliorer la prise en
charge des patients atteints de LAM dont le pronostic reste sombre et dont le taux d'incidence est en constante augmentation (1%/an). Pour ce projet, des lignées shRNA (knockdown), et des lignées CRISPR (CRISP'Edit (TBM Core UAR CNRS 3427 / Inserm US 005)) seront générées, pour analyser la fonction des marqueurs d'intérêt dans la LAM et vérifiées par PCR quantitative et séquençage NGS. La prolifération des cellules leucémiques modifiées sera analysée par test MTS et le cycle cellulaire par t l'iodure de propidium (IP) par cytométrie de flux. L'efficacité des inhibiteurs anti-FLT3 sera évaluée par Western-Blot et par des tests d'apoptose par détection Annexine V/(IP) par cytométrie de flux.
Nous testerons le comportement des lignées cellulaires modifiées par rapport aux lignées cellulaires natives en utilisant un modèle d'encapsulation 3D dans une sphère d'alginate (plateforme VoxCell, TBMCore UAR CNRS 3427 / Inserm US 005).
Les expériences in vivo utiliseront des souris immunodéficientes NSG (NOD/SCID/IL2R c-/-) pour réaliser des xénogreffes par injections intraveineuses de lignées de LAM (animalerie A2).

L'étudiant.e devra posséder de solides connaissances en biologie cellulaire et moléculaire. Une expérience pratique en culture cellulaire, ainsi que des compétences techniques en biologie cellulaire (détection protéique) et en biologie moléculaire (PCR, séquençage) seront appréciées pour la réalisation du projet.