Thèse Fonction des Protéines à Domaine Spoc chez la Tomate H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : BFP - Biologie du Fruit et Pathologie
Direction de la thèse : Pascal MARTIN ORCID 000000024271658X
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Le domaine protéique SPOC a été récemment décrit comme un nouveau domaine fonctionnel interagissant avec des résidus phosphorylés, notamment localisés dans le domaine C-terminal de la grosse sous-unité de l'ARN polymerase II et qui régulent de nombreux processus co-transcriptonnels. Les données de la littérature indiquent que les protéines à domaine SPOC interviennent pour faire le lien entre la transcription, l'état de la chromatine et les mécanismes de maturation des ARN messagers (clivage et polyadenylation, épissage, modification des ARNs) mais leurs fonctions chez les plantes, en particulier leurs rôles dans les mécanismes développementaux et les réponses aux stress biotiques et abiotiques restent mal connus. En s'appuyant sur la disponibilité de mutants pour plusieurs de ces protéines, nous proposons d'étudier leurs fonctions moléculaires et physiologiques chez la tomate, un modèle d'importance agronomique pour lequel nous disposons d'outils moléculaires appropriés à ces études.

L'analyse du génome de la tomate a permis d'identifier 5 protéines à domaine SPOC dont la plupart présentent des homologies avec d'autres protéines décrites chez les plantes, chez les métazoaires ou chez les champignons. Cependant, les fonctions de ces protéines n'ont jamais été évaluées dans un modèle d'intérêt agronomique. En nous appuyant sur les données de la littérature ou des données obtenues chez Arabidopsis thaliana, nous émettons par ailleurs l'hypothèse que certaines fonctions de ces protéines ne se révèlent qu'en situation de stress. Ainsi, comprendre la fonction de ces protéines revêt un enjeu fondamental de compréhension du lien entre transcription, chromatine et maturation des ARN mais également potentiellement des enjeux appliqués en termes de contrôle des réponses au stress.

Comprendre les principales fonctions biologiques de protéines à domaine SPOC au cours du développement de la tomate. Evaluer le rôle de ces protéines en réponse à des stress biotiques et abiotiques. Analyser la localisation et la dynamique de ces protéines. Utiliser les outils de génomique fonctionnelle pour comprendre la fonction moléculaire de ces protéines.

- Afin d'évaluer les impacts de la délétion de protéines SPOC sur le transcriptome nous mettrons en oeuvre différentes approches de transcriptomique par séquençage short et long read: RNA-seq polyA+, 3' RNA-seq et FLEP-seq
- L'interaction des protéines SPOC avec la chromatine sera analysée à l'échelle du génome (ChIP-seq) dans des lignées exprimant des protéines SPOC taguées. La distribution génomique de l'ARN polymérase II (ChIP-seq / CUT&RUN), de certaines modifications post-traductionnelles d'histones (CUT&RUN / CUT&TAG) ainsi que l'accessibilité de la chromatine (ATAC-seq) seront également étudiées.
- La localisation subcellulaire et la dynamique des protéines à domaine SPOC seront étudiées par imagerie et les déterminants structuraux de cette localisation seront évalués via des délétions.
- Ces différentes approches seront mises en oeuvre en situation contrôle et en situation de stress.
- Des analyses bioinformatiques seront conduites pour aboutir à une vision intégrée des fonctions de ces protéines à l'échelle du génome.