Thèse Caractérisation des Lymphocytes t Impliqués dans la Réponse Immunitaire Dirigée Contre le Cytomégalovirus. H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle
Direction de la thèse : Myriam CAPONE ORCID 0000000264199253
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Le cytomégalovirus (CMV) est un béta-herpes virus fréquent qui persiste à vie sous forme latente. Inoffensif chez les personnes immunocompétentes, il peut être la cause de dommages tissulaires graves chez les patients immunodéprimés, dont les receveurs d'allogreffes. Si ces derniers ont expérimenté une infection à CMV par le passé (receveurs séropositif pour le CMV, R+), le risque de développer une infection sévère est limité par la présence/persistance de lymphocytes mémoires, générés consécutivement à la première infection. Ainsi, les lymphocytes T (LT) CD8+ ont un rôle crucial dans le contrôle des phases de réactivation/réinfection virale chez ces patients. Deux populations majeures de LT mémoires ont été décrites et diffèrent par leur phénotype et leurs propriétés: les LT Centrales Mémoires (TCM, CD44+CD62L+) retrouvés dans les ganglions lymphatiques et la rate, et les LT Effectrices Mémoires (TEM, CD44+CD62L-) dont les LT Tissus Résidents (CD103+CD69+) majoritaires dans les tissus.
Notre équipe s'intéresse à une autre population de LT, moins fréquente et aux propriétés uniques : les LT , capables de reconnaître des autoantigènes surexprimés à la surface de cellules infectées ou tumorales. Cette reconnaissance, indépendante des molécules du Complexe Majeur d'Histocompatibilité (CMH), conduit in fine à la destruction des cellules cibles. Les données obtenues in vitro et ex vivo concourent à une implication des LT dans la réponse anti-CMV chez les transplantés. En utilisant le modèle murin, nous avons prouvé leur rôle protecteur antiviral, indépendant des LT (Khairallah et al. PLoS Pathog. 2015 Mar 6;11(3):e1004702). Plus récemment, nos résultats concourent au rôle crucial des TCM dans le maintien à long terme de la réponse antivirale. Ainsi, un transfert adoptif de TCM isolés de la rate de souris infectées par le CMV protège des souris CD3-/- de la mort induite par le virus en absence de LT (Yared et al. PLoS Pathog. 2024 July 8; 20(7): e1010785).
Ce projet de thèse s'inscrit dans la continuité de ces résultats et vise à caractériser les facteurs induits par le CMV responsables du maintien des LT et induisant leur fonction protectrice.

Les travaux antérieurs de l'équipe de J Dechanet Merville ont permis d'assoir le rôle des lymphocytes T dans la réponse immunitaire dirigée contre le CMV. Le modèle murin a été mis en place pour répondre à des questions inaccessibles chez l'Homme. L'étude chez la souris autorise un accès aux organes et constitue un modèle intéressant pour tester le pouvoir protecteur des cellules immunitaires par des expériences de transfert adoptif.

Les différentes questions posées sont les suivantes:
-Un contact antérieur avec le virus est-il nécessaire à induire la fonction protectrice des TCM? Nos résultats préliminaires semblent aller dans ce sens, puisqu'un transfert de LT isolés à partir de souris naïves conduit à la mort de souris CD3-/- par le CMV, contrairement à un transfert de LT isolés à partir de souris préalablement infectées par le CMV.
-Si oui, quelle est l'impact de ce « priming » par le CMV sur les TCM? Deux hypothèses non mutuellement exclusives sont mises en avant : 1- une modification du répertoire des récepteurs à l'antigène (TCR ) avec l'amplification de clones anti-viraux et 2- une modification des propriétés/fonctions effectrices des TCM « primés ».
-Existe-t-il d'autres contextes induisant des TCM anti-CMV ? Une activation non spécifique du TCR est-elle suffisante ? Le TCR est-il nécessaire au priming? Une autre infection virale pourrait-elle avoir le même effet ? Un contexte cytokinique particulier ?
-Quel est l'importance de l'origine tissulaire des TCM dans leur fonction protectrice ?

Nous utilisons des souris C57BL/6 « wild-type » (wt), CD3 -/- (sans LT) ou TCR-/- (sans LT ).
Des expériences de transfert adoptif permettront de déterminer le pouvoir protecteur de TCM isolés à partir d'organes (rate et éventuellement foie et poumons) de souris préinfectées par le CMV, ou de souris naïves. Les LT TCM seront purifiés après marquage par cytométrie en flux en utilisant un tri magnétique ou un trieur de cellules, puis transférés dans des souris immunodéficientes sensibles à l'infection. Un suivi longitudinal des receveuses (poids, transaminases hépatiques) sera réalisé et la charge virale évaluée par PCR digitale dans le sang, ou dans les organes en fin d'expérimentation.
L'impact du « priming » par le CMV sera étudié par des analyses transcriptomiques et épigénétiques, en comparant les gènes induits sur les TCM isolés à partir de souris préalablement infectées ou non. Une analyse « single cell » multiomique (ATAC-Seq et RNAseq) a déjà été effectuée et suggère l'existence de « clusters » spécifiques à l'infection qui seront caractérisés. L'invalidation de facteurs identifiés est à envisager afin de prouver leur implication dans la réponse protectrice antivirale.
L'étude du répertoire de TCR des TCM primés ou non par le CMV pourra être réalisée en collaboration avec le Dr Vermijlen (Belgique) comme précédemment.
Récemment, un protocole d'amplification des de rate de souris C57BL/6 wt a été mis en place, utilisant une activation du TCR associée à un mélange de cytokines. Ce protocole a permis de générer un nombre important de TCM indépendamment du CMV. Nous proposons de tester leur pouvoir protecteur comparativement à celui de TCM isolés de rates de souris infectées. Si des différences sont observées, une analyse transcriptomique comparative pourrait être envisagée. Ce protocole d'amplification pourrait en outre faciliter l'utilisation de la technique CRISPERcas9 afin d'inactiver des facteurs clés identifiés précédemment.
Concernant la spécificité de la réponse, nous envisageons également de tester si d'autres contextes infectieux pourraient induire une réponse protectrice contre le CMV.