Thèse Développement d'Une Approche Syncom pour Étudier la Réduction des Contaminations en Mycotoxines de Fusarium par les Bactéries Associées au Blé H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : MycSA - Mycologie et Sécurité des Aliments
Direction de la thèse : Louis CARLES ORCID 0000000165760279
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Les mycotoxines sont des métabolites secondaires toxiques naturels produits par des champignons qui infectent les céréales, dont le blé. Ces toxines se retrouvent dans les produits végétaux et ont été identifiées comme des contaminants nouvellement préoccupants. Des recherches approfondies ont été menées sur la production de mycotoxines et leur présence dans les aliments, mais peu d'études ont porté sur leur devenir et impact sur les communautés microbiennes.
L'objectif principal du projet est d'étudier comment le microbiote du blé peut atténuer la contamination par les mycotoxines de Fusarium, agent fongique responsable de la fusariose de l'épi. Le projet sera centré sur le microbiote de l'épi, siège de l'infection par Fusarium, et sur deux des principaux agents responsables de la fusariose en Europe, F. graminearum et F. avenaceum, qui produisent respectivement le déoxynivalénol (DON) et les enniatines (ENN), mycotoxines dites émergentes. Nous émettons l'hypothèse que 1) le microbiote de l'épi est différentiellement impacté par le DON et les ENNs, seuls ou en mélange, et que 2) cet impact reflète des différences de sensibilité des espèces et de capacité de biodégradation.
Ce projet combinera des approches moléculaires pour identifier le microbiote coeur et des isolements pour obtenir des souches dégradant les mycotoxines. Les communautés bactériennes associées aux épis de blé seront simplifiées en présence de Fusarium et/ou de mycotoxines (approche top-down). Une approche bottom-up permettra de construire des communautés synthétiques (SynComs) à partir d'isolats.
Ce projet permettra d'améliorer la compréhension du rôle du microbiote dans la défense des plantes contre les agents pathogènes et leurs facteurs de virulence, d'améliorer l'évaluation des risques liés à la contamination des aliments par les mycotoxines, et le risque environnemental potentiel des mycotoxines et de leurs produits de dégradation.

Impact des champignons pathogènes sur les plantes cultivées et la production de céréales.

Mieux comprendre les interactions entre les champignons phytopathogènes et le microbiote des plantes afin d'adapter les pratiques agricoles.
Développer de nouveaux modèles d'études qui reflètent la diversité microbienne associée aux plantes.
Déterminer la façon dont le microbiote du blé est impacté par les mycotoxines, et sa capacité à atténuer la contamination des céréales par les mycotoxines

Exposition du microbiote de l'épis de blé à Fusarium spp. et aux mycotoxines correspondantes.
Mise au point de communautés synthétiques pouvant servir de modèles pour étudier les interactions microbiote-champignon phytopathogène.
Etude des interactions entre communautés bactériennes associées au blé et Fusarium spp. par des approches de métagénomique et/ou de métabolomique.