Thèse Apport d'Une Stratégie d'Éradication Ciblée par Analyse par Séquençage Haut Débit de l'Infection à Helicobacter Pylori H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : BoRdeaux Institute of onCology
Direction de la thèse : Philippe LEHOURS ORCID 0000000160771825
Début de la thèse : 2026-09-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Contexte : Le traitement des infections par la bactérie Helicobacter pylori requiert l'utilisation d'une combinaison d'antibiotiques associée à un inhibiteur de la sécrétion acide. Les taux de résistance en France à deux antibiotiques clés que sont la clarithromycine et la lévofloxacine dépassent les 15% chez des patients naïfs de toute tentative antérieure d'éradication antibiotique.
Objectifs : L'objectif principal de ce projet est de démontrer l'efficacité d'un traitement ciblé pour l'éradication de H. pylori basé sur l'étude du résistome de la bactérie par séquençage nouvelle génération (NGS) sur des biopsies gastriques. L'objectif secondaire est de tester différentes techniques d'extraction d'ADN sur biopsies gastriques fraiches afin d'améliorer la sensibilité de la détection.
Méthodes : Des biopsies fraiches ou inclues en paraffine seront analysées par NGS en utilisant une technique de capture par sondes ARN (Gillet et al. Sci Rep 2025 et Gillet et al. Microbiol Spectr 2025) permettant d'accéder notamment au résistome de la bactérie.
Perspectives : L'objectif principal est de démontrer l'intérêt de l'approche NGS dans le choix du meilleur traitement ciblé sur le profil de résistance des souches infectantes. L'objectif secondaire est d'évaluer si des adaptations de la technique d'extraction d'ADN influencent la sensibilité de l'approche NGS.

La recherche d'une infection gastrique à H. pylori doit être envisagée pour tout patient souffrant d'au moins une de ces pathologies :
-Dyspepsie chronique
-Anémie ferriprive sans cause retrouvée ou résistante à la supplémentation ferrique
-Carence en vitamine B12 sans cause retrouvée
-Antécédents familiaux de cancer gastrique
-Purpura thrombopénique immunologique à l'âge adulte
-Antécédents d'ulcères gastro-duodénaux ou de lésions précancéreuses n'ayant pas bénéficié d'une éradication
-Consommation d'AINS et/ou IPP au long cours
-Patient ayant bénéficié d'un traitement d'éradication de H. pylori sans contrôle de l'éradication
-patient présentant des facteurs de risque de cancer gastrique (personne apparentée à un patient ayant eu un cancer de l'estomac ie. parents, frères/soeurs, enfants)
-patient ayant un syndrome de prédisposition aux cancers digestifs (ie. HNPCC / Syndrome de Lynch)
-patient ayant eu une gastrectomie partielle ou un traitement endoscopique de lésions cancéreuses gastriques
-patient avec lésions pré-néoplasiques gastriques (ie. atrophie sévère et/ou métaplasie intestinale, dysplasie).

Pour chaque patient,des biopsies gastriques doivent être prélevées puis envoyées dans les laboratoires de microbiologie de chaque centre pour analyse par PCR et par culture.
Le CNRCH maitrise depuis plus de 20 ans l'utilisation en routine de la PCR dans le diagnostic de l'infection à H. pylori et depuis plus de 30 ans la culture de cette bactérie sur biopsies gastriques.
La culture peut malheureusement rester négative par rapport à la PCR dans 10 à 20% des cas. Aucun antibiogramme n'est alors possible. Les cliniciens ne peuvent prescrire d'antibiothérapie ciblée sur le profil de sensibilité.

De nombreux gastroentérologues envoient des biopsies uniquement aux laboratoires de pathologies. Le diagnostic histologique permet un diagnostic de l'infection à H. pylori mais ne renseigne pas sur le profil de sensibilité aux antibiotiques. Les cliniciens ne peuvent la non plus prescrire d'antibiothérapie ciblée.

Le CNRCH a mis au point sur biopsie fraiche ou inclue en paraffine une technique NGS basée sur de la capture d'ADN, qui permet d'acceder au résistome de la bactérie.

-Evaluer l'efficacité des traitements d'éradication de H. pylori choisis sur une approche NGS d'étude du résistome.
-Etudier l'association entre les mutations identifiées dans les gènes cibles par NGS (gyrA, ADNr 23S, ADNr 16S, rpoB) et les résultats de l'antibiogramme (sensibilité à la lévofloxacine, clarithromycine, tétracycline et rifampicine).
-Evaluer différentes techniques d'extraction d'ADN notamment celles permettant de dépléter l'ADn extrait en ADN humain afin d'envisager d'améliorer la sensibilité de détection de la technique NGS (augmentation du 'On target', diminution du 'Off-target').

-Analyse des biopsies fraiches : culture extraction d'ADN automatisée (MagnaPure Roche) puis évaluation par PCR temps réel de la présence de H. pylori (+ détermination de la sensibilité aux macrolides). Evaluation de différentes techniques commerciales d'extraction d'ADN alternative à la technologie automatisée.
-Analyse des biopsies inclues en paraffine : extraction d'ADN (kit Qiagen) puis évaluation par PCR temps réel de la présence de H. pylori (+ détermination de la sensibilité aux macrolides).
-Analyse des ADN extraits par technique de Capture d'ADN : préparation des librairies sur automate Magnis (Agilent) en utilisant un mélange de sondes à ARN selon les protocoles expérimentaux décrit par Gillet et al.
-Analyse des résultats NGS automatisés sur le pipeline d'analyses maison.
-Transmission des résultats aux cliniciens.

Les biopsies seront récupérées grâce à un réseau de microbiologistes et cliniciens locaux, nationaux et internationaux.