Thèse Crispr et Quantification des Remaniements par Analyse de Donnees de Single Cell H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : BoRdeaux Institute of onCology
Direction de la thèse : David CAPPELLEN ORCID 0000000296342595
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Le développement des outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, a révolutionné la thérapie génique. Notre équipe, équipe 8 BioGO du BRIC, est experte en thérapie génique, s'est spécialisés dans l'étude des conséquences génomiques et a mis en évidence l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques suite à la création de la cassure double brin. Ces évènements apparaissent quelque soit le type cellulaire (lignées, iPSC, cellules souches hématopoïétiques, CAR-T), et le locus ciblé). Notre équipe vient de démontrer la puissance de l'approche scDNA-seq pour non-seulement détecter et cartographier les délétions mais aussi les pertes d'hétérozygotie à copie neutre avec une très grande sensibilité (entre 0,1 et 1%) grâce au design d'un panel à façon basé sur les single nucleotide polymorphisms (SNP). Ceci en fait un outil de choix pour l'étude des modifications génomiques induites par la coupure double brin d'ADN du système CRISPR-Cas9-nucléase. La thèse aura pour but de quantifier avec une grande précision les principaux remaniements génomiques comprenant les pertes d'hétérozygoties à copie neutre, les délétions avec un focus particulier sur les gains de copies (dont la détection est beaucoup plus compliquée), sur une échelle allant du kilobase au chromosome entier. Les jeux de données seront issus du scDNA-seq et nécessiteront d'utiliser et d'adapter des outils préexistants dédiés à la détection des copy number variations (CNV) dans les données single cell.

Le développement des outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, a révolutionné la thérapie génique. Notre équipe, équipe 8 BioGO du BRIC, est experte en thérapie génique, s'est spécialisés dans l'étude des conséquences génomiques et a mis en évidence l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques suite à la création de la cassure double brin.

Ce travail permettra de développer une méthodologie pour analyser les données de single cell afin de cartographier avec précisions les remaniements génomiques suite à la coupure double brin en cas d'édition par CRISPR.

La quantification ultra-sensible des remaniements génomiques (délétions, copies-neutres et gains) après édition par CRISPR s'effectuera à partir de jeux de données de single cell sous forme de fichiers h5 et FASTQ (jeu de données disponibles de cellules caractérisées en bulk par CGH-array/OGM avec délétions et gains pour la mise au point). Elle nécessitera de s'appuyer sur des outils dédiés à la détection de CNV dans les des données de single cell.

Master 2 avec compétence en biologie moléculaire et Bio-informatique
Connaissances de CRISPR et de la bio-informatique
Curiosité, esprit d'initiative et esprit d'équipe requis