Thèse Contrôle Transcriptionnel du Génome Vecteur de l'Adénovirus H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé Laboratoire de recherche : Microbiologie fondamentale et Pathogénicité Direction de la thèse : Harald WODRICH ORCID 0000000247641708 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59 Les génomes des adénovirus sont empaquetés dans le virion sous la forme d'une chromatine virale hautement condensée, résultant de l'association de l'ADN linéaire double brin avec des protéines de core virales, en particulier la protéine VII, de type histone-like. Après l'entrée dans la cellule par endocytose médiée par un récepteur, une désassemblage partiel de la capside permet l'import nucléaire du génome viral, qui reste associé à la protéine VII mais dépourvu d'histones cellulaires. Lors de la délivrance nucléaire, la protéine VII protège l'ADN viral de la détection par l'immunité innée et recrute des facteurs cellulaires favorisant la transcription précoce. Les génomes viraux nouvellement importés s'ancrent rapidement à la chromatine de l'hôte, et la transcription débute dans les premières heures de l'infection à partir du promoteur immédiatement précoce E1A. Une expression génique productive nécessite la conversion de la chromatine virale condensée vers un état transcriptionnellement actif, caractérisé par une décondensation partielle du génome, le remplacement de la protéine VII par des nucléosomes cellulaires et le dépôt de la variante d'histone H3.3 portant des marques d'acétylation activatrices. Ces transitions chromatiniennes précoces sont essentielles pour coordonner la transcription virale tout en modulant les réponses immunitaires innées au début de l'infection. Le ou la doctorant·e cherchera à élucider les mécanismes assurant un contrôle transcriptionnel efficace et permettant aux adénovirus d'échapper à la détection innée par la cellule.
DNA viruses entering the nucleus must rapidly reorganize their genomes to initiate transcription while avoiding activation of host innate immune defenses. Adenoviruses provide a powerful model to study this process, as their genomes are delivered as protein-bound viral chromatin that undergoes tightly regulated remodeling upon nuclear entry. Understanding how this early chromatin reprogramming is achieved will provide fundamental insight into virus-host interactions and nuclear innate immune control relevant as well for efficient vector development. This project will combine synchronized adenovirus infection models with short early time courses to examine viral genome fate immediately after nuclear entry. Imaging-based approaches, chromatin profiling, and nascent transcription assays will be used to monitor viral chromatin remodeling, histone deposition, and activation of early viral promoters. Targeted genetic and biochemical perturbations of viral and host factors will define the mechanisms that enable efficient early transcription while limiting activation of innate immune sensing pathways.

The ideal candidate will hold a Master's degree (or equivalent) in molecular biology, virology, cell biology, or a related discipline, with a strong interest in virus-host interactions and chromatin biology. Prior experience in cell culture, molecular and biochemical techniques, and data analysis is expected, while expertise in virology or epigenetics will be considered an asset.

This project is embedded in an international research collaboration (CNRS) with partner laboratories at the Universities of Regensburg and Munich. As the working language of the project is English, the candidate must demonstrate written and spoken English skills. Regular scientific exchanges with international partners are integral to the project, and the candidate is expected to actively participate in collaborative meetings and research visits. Willingness to travel and to work in an international research environment is therefore essential.