Thèse Caractérisation de l'Effet du Porte-Greffe de Vigne sur les Composantes du Rendement Approche Intégrée de Génétique Quantitative et d'Écophysiologie H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
Direction de la thèse : Elisa MARGUERIT ORCID 000000025016990X
Début de la thèse : 2027-01-04
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Ce travail de thèse visera à :
1)Caractériser l'architecture génétique des composantes du rendement de la vigne, induites par le porte-greffe et sa plasticité en fonction des conditions environnementales (année présentant un statut hydrique limitant ou pas),
2) Caractériser les réponses au déficit hydrique induites par le porte-greffe et leur plasticité en fonction des conditions environnementales (intensité et occurrence du déficit hydrique) et du greffon, puis caractériser l'architecture génétique des réponses au déficit hydrique, induites par le porte-greffe et sa plasticité en fonction des conditions environnementales (année présentant un statut hydrique limitant ou pas).
3)A partir de ces résultats en génétique quantitative et de l'analyse de la diversité allélique au sein d'un large panel des porte-greffes commerciaux, des hypothèses seront formulées pour étudier des mécanismes physiologiques sous-jacents aux caractères et réponses étudiées à partir de la sélection d'un plus petit nombre d'individus.
4)Effectuer une méta-analyse des données de rendement des essais porte-greffes des châteaux pour caractériser les interactions Génotype × Environnement.

Depuis la crise du phylloxéra au XIXème siècle, la vigne est cultivée greffée et il est important de rappeler que le puceron responsable de cette maladie est toujours présent dans les vignobles. Ainsi, l'étude des réponses de la vigne doit prendre en compte le dialogue qui s'établit dans les deux sens entre le porte-greffe et le greffon. Une telle étude est conduite dans un contexte environnemental particulier où s'allient le besoin d'adaptation au changement climatique et la nécessité de développer des approches agro-écologiques. Le matériel végétal est un levier d'adaptation indéniable que ce soit à l'augmentation en intensité et fréquence de sécheresses ou à la baisse des intrants en fertilisation minérale. L'enjeu socio-économique auquel je souhaite répondre est d'identifier des porte-greffes permettant le maintien de la production dans ce contexte plus contraignant des statuts hydrique et minéral.
Une telle identification fait face à plusieurs enjeux scientifiques dont la nécessité d'intégrer les interactions porte-greffe × greffon pour améliorer la fiabilité et la stabilité des comportements des obtentions issues des programmes d'amélioration des porte-greffes. La contribution de la plasticité des caractères d'intérêt à une meilleure adaptation à l'environnement a été établie.
La problématique scientifique que je souhaite explorer est : comment mieux caractériser et évaluer les interactions Génotype × Environnement (G×E) pour des caractères agronomiques d'intérêt en lien avec le maintien de la production. Répondre à cette question permettra de progresser dans la compréhension du déterminisme génétique des caractères agronomiques complexes, notamment ceux qui contribuent à l'adaptation des plantes greffées aux facteurs abiotiques.

Il s'agira d'évaluer les effets du porte-greffe sur les composantes du rendement du greffon et la plasticité du rendement au greffon et aux conditions environnementales sur plusieurs catégories de ressources génétiques.
niveau de l'architecture génétique.

Les travaux seront conduits sur le dispositif expérimental de terrain GreffAdapt, qui intègre déjà l'étude des interactions porte-greffe/greffon mais aussi sur la population de V. berlandieri greffée avec du Riesling et les 2 essais où la descendance V. berlandieri × V. rupestris est greffée avec du Cabernet-Sauvignon. L'analyse de cette descendance issue du croisement des deux fonds génétiques ayant produit les génotypes de porte-greffes les plus tolérants à la sécheresse au vignoble, permet d'étudier l'architecture génétique de la plasticité de ces caractères. Les dispositifs implantés au vignoble permettraient une évaluation des composantes du rendement, ce qui est original sur des ressources génétiques greffées autorisant des approches de génétique quantitative.
Ces travaux s'appuieront sur les résultats originaux et prometteurs obtenus au cours du doctorat de Marine Morel que je dirige (variabilité génétique des composantes du rendement induite par le porte-greffe, étude de la plasticité du rendement et de la vigueur conférée en fonction du greffon et de conditions environnementales contrastées).