Thèse Caractérisation Phénotypique et Omique d'Une Population Clonale de Vitis Vinifera CV. Gewurztraminer Afin d'Étudier la Plasticité de l'Équilibre Rendement - Potentiel Oenologique des Baies e H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
Direction de la thèse : Eric GOMES ORCID 0000000325821203
Début de la thèse : 2026-11-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Le changement climatique (CC) affecte et continuera d'affecter la phénologie et la physiologie de la vigne, ce qui aura un impact sur la composition du raisin lors de la récolte et pourrait altérer la composition du vin. Il existe plusieurs moyens d'adapter la viticulture aux conditions climatiques futures et d'accroître sa résilience au CC, mais l'utilisation de la diversité intra-variétale (c'est-à-dire clonale) a potentiellement le plus faible impact sur la typicité du vin. Il est donc essentiel d'identifier des clones présentant une tolérance élevée au stress abiotiques, et notamment hydrique, avec une faible pénalité (compromis) sur le rendement et la qualité du raisin. Ce projet utilisera une population de clones du cépage Gewürztraminer (14 clones, 22 à 54 réplicats) suivie par l'Université de Trento (Italie), implantée sur une parcelle en pente, permettant, en combinaison avec une irrigation, d'imposer des régimes hydriques différenciés.

Les objectifs des travaux de thèse seront les suivants :
1. caractérisation phénotypique du comportement agronomique de la population, y compris les paramètres de croissance, la température des feuilles, l'état hydrique (discrimination du carbone 13), ainsi que le rendement et la composition des baies à la récolte, pour des régimes hydriques contrastés ;
2. micro-fermentations pour évaluer le potentiel qualitatif des vins de chaque clone ;
3. analyses omiques sur une sélection des clones les plus contrastés (n=6-8) : métabolomique des fruits et des feuilles, transcriptomique, analyse du virome libre des feuilles pour déterminer la contribution éventuelle de la diversité virale sur les phénotypes ;
4. évaluation au vignoble de l'effet du régime hydrique sur le potentiel oenologique et le profil aromatiques de baies et des vins ;
5. évaluer les mécanismes sous-jacents de la performance agronomique et oenologique des clones en fonction de leur alimentation hydrique.

Les résultats attendus sont l'identification des compromis entre la tolérance au stress, le rendement en baies et le potentiel oenologique dans l'ensemble de la population clonale, afin d'identifier les génotypes présentant une tolérance élevée au stress thermique et au déficit hydrique, mais peu pénalisants en ce qui concerne le rendement en baies et la composition à la récolte.

Il existe plusieurs moyens d'adapter la viticulture aux conditions climatiques futures et d'accroître sa résilience au CC : modification des pratiques culturales ; adaptation du matériel végétal par la sélection ou la création de nouveaux cépages plus tolérants aux contraintes abiotiques (températures élevées, déficit hydrique, ...) ; déplacement des vignobles vers des zones géographiques plus fraîches, avec le risque de modifier au final la typicité et la qualité des vins produits. Parmi tout ces moyens, l'utilisation de la diversité intra-variétale (clonale) des cépages existants est celui qui présente potentiellement le plus faible impact sur la typicité des vins. Il est donc essentiel d'identifier des clones présentant une tolérance élevée aux stress abiotiques, et notamment hydrique, avec une faible pénalité sur le rendement et la qualité du raisin (notion de compromis ou 'trade-off'). Ce projet s'inscrit dans le Work Package 9 'VinWin' du Grand Programme de Recherche Bordeaux Plant Science (GPR BPS), qui vise à étudier les mécanismes qui sous-tendent les compromis entre le rendement et le potentiel oenologique des raisins à la récolte, et réponse de ces compromis aux facteurs thermiques et hydriques.

L'objectif global de la thèse est la caractérisation d'une population clonale de Vitis vinifera cv. Gewurztraminer afin d'étudier la plasticité de l'équilibre rendement/potentiel oenologique des baies en réponse à la contrainte hydrique. Les travaux envisagés mettront en oeuvre une combinaison de phénotypage au vignoble, d'approches omiques et oenologiques.
Le phénotypage au vignoble permettra de suivre les dynamiques de croissance des et de de maturation des baies, en régime hydrique limitant et non limitant, en collaboration avec les collègues du CIVIT et de l'Université de Trento. La contrainte hydrique cumulée subie par les plantes sera suivie au cours de la maturation des fruits par l'analyse de la discrimination isotopique du carbone 13 dans les baies. Enfin les composantes du rendement (nombre de grappes, poids des grappes, poids moyen des baies) seront également étudiées. La contrainte hydrique sera imposée en prenant avantage de la pente existant sur la parcelle expérimentale, en combinaison avec une irrigation partielle.
Les analyses transcriptomiques permettront de suivre la modulation de l'expression génique des différents clones en réponse au régime hydrique ainsi que l'analyse du virome libre, qui est fortement soupçonné d'influer sur le rendement et la composition des raisins. L'UMR EGFV à toutes les compétences requises pour l'analyse des données de transcriptomique.
Les analyses métabolomiques permettront d'analyser finement la composition des baies et donc leur potentiel oenologique, ainsi que la composition des vins obtenus lors de micro-vinifications. L'UMR EGFV et l'Université de Trento ont l'expertise nécessaire à l'analyse des données omiques, et accès à des plateforme équipées de GC-MC et LC-MS.