Thèse Caractérisation du Micro-Environnement Inflammatoire de la Muqueuse Intestinale chez les Patients Atteints de Sclérodermie H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle
Direction de la thèse : Marie-Elise TRUCHETET ORCID 0000000180450180
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

La sclérodermie systémique (SSc) est une maladie auto-immune complexe qui combine vasculopathie, auto-immunité et fibrose, cette
dernière étant responsable des complications graves et du sur-risque de mortalité chez les patients. Les atteintes digestives, fréquentes
dans la SSc, peuvent aecter l'ensemble du tube digestif, entraînant des dysfonctionnements graves tels que la malabsorption ou les
pseudo-obstructions chroniques. Pourtant, aucun traitement spécifique n'existe pour ces manifestations. Comprendre les mécanismes
physiopathologiques de la fibrose digestive représente donc un enjeu majeur.
Les progrès des technologies multi-omiques permettent aujourd'hui d'étudier plus précisément les acteurs cellulaires et moléculaires de
la fibrose. L'inflammation chronique, en tant que moteur initial, joue un rôle clé dans le développement de la fibrose. Cependant, la
physiopathologie des atteintes digestives dans la SSc reste peu explorée, contrairement aux lésions cutanées ou pulmonaires. De plus, la
diversité cellulaire de la muqueuse intestinale, liée à l'interaction avec le microbiome, pourrait fournir des pistes spécifiques. En nous
appuyant sur les données des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), mieux décrites, nous proposons d'identifier les
acteurs cellulaires et moléculaires de la réponse inflammatoire et fibrotiques dans les atteintes digestives de la SSc.
Notre projet vise à caractériser le micro-environnement inflammatoire et fibrotique des lésions digestives sclérodermiques. Nous
utiliserons l'imagerie multiparamétrique à fluorescence (MACSima) sur des biopsies intestinales pour phénotyper les cellules immunitaires
et stromales, mesurer leurs marqueurs d'activation, et analyser leurs interactions cellulaires. En complément, nous collecterons du tissu
frais pour caractériser les sécrétomes pro-inflammatoires et pro-fibrotiques des lésions intestinales, en utilisant des approches
moléculaires et protéomiques. Ces sécrétomes seront ensuite testés sur des fibroblastes et des cellules endothéliales en culture pour
modéliser les mécanismes pro-fibrosants et vasculaires in vitro.
Les résultats attendus incluent l'identification des cellules immunitaires et molécules associées à la SSc digestive, ainsi que leurs
fonctions pro-inflammatoires et pro-fibrosantes. Ce projet pourrait révéler de nouvelles cibles thérapeutiques pour traiter les formes
intestinales de la SSc.
Prérequis : Connaissance théorique et pratique en immunofluorescence/immunohistochimie et immunologie. Des compétences en
communication, organisation et collaboration sont également nécessaires pour les interactions avec les plateformes technologiques et
l'équipe de recherche.

Dans un tissu sain, la phase inflammatoire est suivie d'une phase de réparation tissulaire nécessitant le dépôt et le remodelage de la
matrice extracellulaire. Cette phase de réparation tissulaire est accompagnée d'une phase de résolution de l'inflammation2. La fibrose est
une version pathologique du processus de réparation tissulaire. Elle intervient dans un contexte de défauts de la résolution de
l'inflammation et se caractérise par un dépôt excessif de matrice extracellulaire par les fibroblastes et les myofibroblastes ainsi qu'une
prolifération des cellules musculaires lisses2. Cette phase fibrotique de la pathologie est en général précédée d'une atteinte vasculaire
caractérisée notamment par l'activation et la mort des cellules endothéliales par apoptose3. L'activation des cellules endothéliales
participent à la libération de molécules pro-fibrotiques tels que l'endothéline et le CTGF tandis que leur mort cellulaire est suspectée de
jouer un rôle important dans le développement d'une auto-immunité. Au cours de la SSc, la transition endothélio-mésenchymateuse joue
également un rôle clé à la fois dans l'atteinte vasculaire et le processus fibrotique3. Le rôle du système immunitaire dans l'initiation puis
dans la phase chronique de la SSc reste cependant mal compris. Le développement de nouvelles approches expérimentales in situ ont
permis de mettre en lumière la diversité des acteurs cellulaires et moléculaires de l'immunité présents dans le microenvironnement de
peaux des patients sclérodermiques. L'analyse in situ de biopsies cutanées a ainsi révélé la présence d'un infiltrat immunitaire
périvasculaire composé de lymphocytes B et de lymphocytes T ainsi que l'activation des monocytes/macrophages vers un profil pro-
inflammatoire (IL-1, IL-6) et pro-fibrotique (TGF-, IL-13, IL-4)4. Ces approches descriptives couplées au développement de modèles in
vitro multi-cellulaires permettent de mieux comprendre comment les interactions entre les cellules endothéliales endommagées et le
recrutement de cellules immunitaires dans les niches périvasculaires influencent l'activation et la diérentiation de cellules stromales vers
un profil myofibroblastique. Ces travaux ont été en grande partie réalisés sur des biopsies cutanées ainsi que sur les atteintes
pulmonaires de la SSc. A l'inverse, les mécanismes physiopathologiques impliqués dans le développement de la fibrose digestive sont
inexplorés. La muqueuse intestinale normale est composée d'une grande diversité de cellules immunitaires due à la présence du
microbiome intestinal. Des mal-adaptations de ces interactions entre microbes et hôte sont à l'origine de la survenue des maladies
inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) qui peuvent aussi présenter des formes fibrosantes notamment dans la maladie de Crohn.
La physiopathologie des MICI et en particulier le rôle du système immunitaire dans cette dernière est mieux décrit que celle de la SSc
digestive et ces pathologies peuvent servir de modèles comparatifs pour identifier les spécificités immunitaires de cette dernière5.
Au laboratoire ImmunoConcEpT, notre groupe de recherche étudie le rôle de la réponse immunitaire innée dans le développement de
pathologie inflammatoire chronique et sur les fonctions des cellules résidentes des tissus telles que les cellules épithéliales, les
fibroblastes ou les cellules endothéliales. Notre équipe a développé une expertise dans l'utilisation de techniques d'imagerie tissulaire
permettant un phénotypage complet des acteurs cellulaires du micro-environnement fibrotique dans la peau de patients sclérodermiques ainsi que du micro environnement tissulaire de la muqueuse intestinale dans les MICI. Nous proposons donc de combiner ces deux
expertises afin de caractériser la spécificité du micro-environnement tissulaire intestinale des patients sclérodermiques en les comparant
à la muqueuse intestinale de patients atteints de MICI.

L'objectif de ce projet de recherche est de caractériser le micro-environnement inflammatoire tissulaire de lésions fibrotiques du tube
digestif chez des patients sclérodermiques par l'utilisation de technique d'imagerie multiparamétrique à fluorescence et par la
quantification de molécules pro-inflammatoires dans des sécrétomes de lésions digestives fibrotiques. Dans un second temps nous
utiliserons ces sécrétomes sur des fibroblastes en culture in vitro pour modéliser la réponse pro-fibrotique du tissu conjonctif.

1\_Nous utiliserons l'analyse tissulaire multiparamétrique (MACSima, Miltenyi) basée sur des cycles de fixation d'anticorps directement
couplés à des fluorochromes et de photoblanchiment sur coupe de tissu en parane de biopsies intestinales de patients
sclérodermiques et MICI. Cette technique nous permettra de phénotyper la composition des cellules immunitaires ainsi que de mesurer
des marqueurs d'activation de cellules stromales dans les zones fibrotiques du tissu et autour des vaisseaux sanguins (+ 50 marqueurs).
Les images générées seront analysées à l'aide d'un programme bio-informatique personnalisé pour phénotyper et quantifier diérentes
cellules immunitaires et prédire leurs interactions avec diérentes cellules stromales.
2\_En parallèle des analyses phénotypiques in situ, nous collecterons du tissu frais pour réaliser une caractérisation moléculaire et
protéomique des sécrétomes de tissu intestinal sclérodermique afin d'identifier les molécules pro-inflammatoires et pro-fibrotiques
impliqués dans la fibrose intestinale
3\_ Enfin nous utiliserons ces sécrétomes pour tester leur potentiel pro-fibrosant sur des cultures primaires de fibroblastes intestinaux,
ainsi que leur capacité à favoriser la vasculopathie digestive en testant les sécrétomes sur des cultures de cellules endothéliales
primaires.
L' approche par technique d'imagerie multiparamétrique à fluorescence combinée à la caractérisation moléculaire et protéomique des
sécrétomes de tissu intestinal permettra l'identification des cellules immunitaires et des molécules de sécrétomes associées à la SSc.
Ces approches descriptives seront associées à des approches fonctionnelles in vitro pour déterminer leurs activités pro-inflammatoires
et/ou pro-fibrosantes sur des cellules stromales.
Ces deux approches nous permettront d'identifier des cibles thérapeutiques pour le traitement des formes intestinales de la SSc.