Thèse Adaptation de la Levure d'Altération des Vins Brettanomyces Bruxellensis aux Milieux Fermentés Approches Bioinformatique et Multi-Échelle H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Oenologie
Direction de la thèse : Warren ALBERTIN ORCID 0000000273859882
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Brettanomyces bruxellensis est considérée comme la principale levure d'altération de vins, affectant jusqu'à 25% des vins rouges. Les vins contaminés par cette espèce sont distingués par des arômes désagréables pour le consommateur qui sont dus à la production de phénols volatils. Cette même espèce de levure est aussi fréquemment associée à d'autres produits fermentés telles que la bière, le kombucha ou le bioéthanol.
Nos connaissances de l'espèce ont récemment considérablement augmenté ces dernières années : le séquençage de nombreux génomes (>1000) a permis d'identifier l'existence de souches diploïdes et triploïdes, et l'existence de plusieurs grands groupes génétiques liés à la fois au niveau de ploïdie et au procédé fermentaire (vin, bière, kombucha, bioethanol, etc.). Lors d'un précédent travail de thèse, 150 souches représentatives des différents groupes génétiques ont été caractérisées dans différents milieux. De nombreux traits phénotypiques d'intérêt ont été mesurés à des niveaux d'intégration cellulaire différents, résultant en un grand jeu de données : métabolites, données de croissance, métabolomique, protéomique, etc. L'objectif de la thèse sera de poursuivre l'analyse et l'intégration de ce jeu de données.

Soutenue fin 2022, la thèse de Jules Harrouard a généré un très large jeu de données (phénotypage de 150 souches dans 5 milieux - jus de raisin, vin, mout de biere, biere, thé sucré type kombucha), qui continue d'être analysé de plus en plus finement. La publication de >1000 génomes de Brettanomyces bruxellensis a par ailleurs permis l'accès à des donnés précieuses, cSoutenue fin 2022, la thèse de Jules Harrouard a généré un très large jeu de données (phénotypage de 150 souches dans 5 milieux - jus de raisin, vin, mout de bière, bière, thé sucré type kombucha), qui continue d'être analysé de plus en plus finement. La publication de >1000 génomes de Brettanomyces bruxellensis a par ailleurs permis l'accès à des donnés précieuses, complémentaires des données de phénotypage, et ouvrant la possibilité d'étudier la relation génotype-phénotype. Enfin, des jeux de données en métabolomique non-ciblée et protéomique restent également à analyser finement.omplémentaires des données de phénotypage, et ouvrant la possibilité d'étudier la relation génotype-phénotype. Enfin, des jeux de données en métabolomique non-ciblée et protéomique restent également à analyser finement.

Les méthodes employées relèveront de l'analyse de large jeux de données multi-échelle. Le doctorant acquerra des compétences en bioinformatique (génomique, protéomique, métabolomique) et biostatistique. Des outils d'analyse de type IA seront également déployés et comparés aux outils d'analyse traditionnelle.