Thèse Crispr et Quantification des Remaniements par Analyse de Donnees de Single Cell H/F - 33

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Mathématiques et Informatique
Laboratoire de recherche : Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires
Direction de la thèse : Slim KARKAR ORCID 0000000305013137
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-04T23:59:59

Le développement des outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, a révolutionné la thérapie génique. Cependant, quelque soit le type cellulaire (lignées, iPSC, cellules souches hématopoïétiques, CAR-T), et le locus ciblé, la création de la cassure double brin voit l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques. L'approche scDNA-seq est un outil de choix pour l'étude des modifications génomiques induites par le système CRISPR-Cas9-nucléase. C'est cette approche qui est poursuivie depuis 2025 par la collaboration de l'équipe BioGO du BRIC avec S. Karkar de l'equipe Bioinformatique de l'IBGC (CNRS UMR59080 , dir. Macha Nikolski). Les méthodes développées dans cette thèse auront pour but de quantifier avec une grande précision les principaux remaniements génomiques sur une échelle allant du kilobase au chromosome entier, comme les pertes d'hétérozygoties et les délétions, avec un focus particulier sur les gains de copies dont la détection pose un défi bioinformatique particulier. Une première approche sera d'utiliser et d'adapter aux données séquençage scDNA-seq plusieurs outils dédiés à la détection des Copy Number Variations (CNV) dans les données de transcriptomique Single-Cell.

Thérapie génique: L'équipe BioGO du BRIC, est experte en outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, pour thérapie génique. Elle s'est spécialisés dans l'étude des conséquences génomiques et a mis en évidence l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques suite à la création de la cassure double brin.

Ce travail permettra de développer une méthodologie bioinformatique pour analyser les données de single cell DNA-Seq afin de cartographier avec précisions les remaniements génomiques suite à la coupure double brin en cas d'édition par CRISPR.

La quantification ultra-sensible des remaniements génomiques (délétions, copies-neutres et gains) après édition par CRISPR s'effectuera à partir de jeux de données de single cell DNA-Seq (sous forme de fichiers h5 et FASTQ), Ce jeu de données est également analysé en bulk par CGH-array/OGM avec délétions et gains pour comparaison. La méthode intègrera des outils dédiés à la détection de CNV dans les des données de single cell.